Leu) mutasyonu, 1 (%9.1) tanesinde ise rpoB MUT1 (D516V) mutasyonu saptanmıştır. INH'ye dirençli olarak belirlenen 16 izolatın sadece 14 (%56)'ünde katG mutasyon probunda katG T1 (S315T1) hibridizasyon paterni gözlenmiştir. Çalışmada, G-MTBDR testi ile RIF'a dirençli olarak belirlenemeyen 2 (%18.2) izolattan birinde DNA dizi analizi ile kodon 531'de (TCG-GCG), diğerinde ise muhtemelen dirençle ilişkili olma¬yan kodon 545'te (CTG—>ATG) mutasyon olduğu belirlenmiştir. Yine INH direnci belirlenemeyen 8 (%32) izolatın 4'ünde DNA dizi analizi ile mutasyonların en yaygın gözlendiği alanın dışında birbirinden farklı mutasyon paternlerine sahip oldukları gösterilmiştir. Bunlar bir izolatta katG geninde kodon 293'te (GCT->ACT), bir izolatta ikili mutasyon şeklinde katG geninde kodon 279'da (GGC->ACC) ve inhA gen bölgesinde 15. C->T şeklinde, bir izolatta inhA gen bölgesinde 15. C->T şeklinde ve bir izolatta katG geninde kodon 279'da (GGC->ACC) şeklindedir. Çalışmamızda DNA membran strip testinin, dirençli M. tuberculosis kompleksi klinik izolatlarında en yaygın görülen mutasyonların hızlı tespitinde faydalı olabileceği ve uygun tedaviye başlamada zaman kazandıracağı kanısına varılmıştır. Ancak bu testin sık görülmeyen mutasyonları belirlemedeki kısıtlılığından dolayı rutin klinik laboratuvarlarda geleneksel duyarlılık testleri ile beraber kullanılması gerekmektedir. Rapid identification of resistant Mycobacterium tuberculosis complex isolates is quite important for the establishment of early and appropriate therapy. The Genotype MTBDR (Hain Lifescience, Nehren, Germany) is a commercially available DNA strip assay designed for the rapid detection of rpoB and katC gene mutations in clinical isolates. This study was conducted to determine the mutation types of phenoty- pically drug resistant 26 M.tuberculosis complex clinical isolates [15 isoniazid (INH), 1 rifampin (RMP) and 10 INH and RMP resistant] by Genotype MTBDR (G-MTBDR) DNA strip assay and to compare the diagnostic performance of this test. Sixteen of 25 (64%) INH-resistant and 9 of 11 (81.8%) RMP-resistant clinical isolates were correctly identified with the presence of hybridization in mutation probe or lack of hybridization at least by one of the wild type probes, by G-MTBDR assay. Hybridization with mutation probes was detected in only 5 of the RMP resistant isolates. We observed rpoB MUT3 (S531L, Ser->Leu) mutation in 4 and rpoB MUTİ (D516V) in one of these isolates. In 56% (14/25) of the INH- resistant isolates, katG Tl (S315T1) hybridization pattern was observed at katC mutation probe. G- MTBDR assay couldn't identify two of the 11 (18.2%) RMP-resistant isolates and one of these isolates was shown to have a mutation at codon 531 (TCG->GCG) and the other at codon 545 (CTG->ATG), possibly not associated with resistance, by sequence analysis. In four of the eight (8/25; 32%) INH-resistant isolates not identified by G-MTBDR assay, DNA cycle sequencing revealed different nucleotide changes outside the most common mutation zone. One of these were at codon 293 (GCT->ACT) in katC, one with dual mutation at 279 (GGC->ACC) in katC and at 15th C->T in inhA gene, one at 15th C—>T in inhA gene and one at 279 (GGC->ACC) in katG gene region. DNA membrane strip assay can be a useful tool for the rapid detection of resistant M.tuberculosis complex isolates and therefore accelerate the initiation of the appropriate treatment. However, due to its restrictions in the determination of relatively rare mutations, this rapid screening test should be used together with conventional susceptibility tests in routine laboratory practices."> [PDF] Mycobacterium tuberculosis kompleksi klinik izolatlarında rifampisin ve izoniazid direncinin hızlı tespitinde "genotype mtbdr" testinin değerlendirilmesi | [PDF] Evaluation of the genotype mtbdr assay for rapid detection of rifampin and isoniazid resistance in clinical Mycobacterium tuberculosis complex clinical isolates Leu) mutasyonu, 1 (%9.1) tanesinde ise rpoB MUT1 (D516V) mutasyonu saptanmıştır. INH'ye dirençli olarak belirlenen 16 izolatın sadece 14 (%56)'ünde katG mutasyon probunda katG T1 (S315T1) hibridizasyon paterni gözlenmiştir. Çalışmada, G-MTBDR testi ile RIF'a dirençli olarak belirlenemeyen 2 (%18.2) izolattan birinde DNA dizi analizi ile kodon 531'de (TCG-GCG), diğerinde ise muhtemelen dirençle ilişkili olma¬yan kodon 545'te (CTG—>ATG) mutasyon olduğu belirlenmiştir. Yine INH direnci belirlenemeyen 8 (%32) izolatın 4'ünde DNA dizi analizi ile mutasyonların en yaygın gözlendiği alanın dışında birbirinden farklı mutasyon paternlerine sahip oldukları gösterilmiştir. Bunlar bir izolatta katG geninde kodon 293'te (GCT->ACT), bir izolatta ikili mutasyon şeklinde katG geninde kodon 279'da (GGC->ACC) ve inhA gen bölgesinde 15. C->T şeklinde, bir izolatta inhA gen bölgesinde 15. C->T şeklinde ve bir izolatta katG geninde kodon 279'da (GGC->ACC) şeklindedir. Çalışmamızda DNA membran strip testinin, dirençli M. tuberculosis kompleksi klinik izolatlarında en yaygın görülen mutasyonların hızlı tespitinde faydalı olabileceği ve uygun tedaviye başlamada zaman kazandıracağı kanısına varılmıştır. Ancak bu testin sık görülmeyen mutasyonları belirlemedeki kısıtlılığından dolayı rutin klinik laboratuvarlarda geleneksel duyarlılık testleri ile beraber kullanılması gerekmektedir."> Leu) mutasyonu, 1 (%9.1) tanesinde ise rpoB MUT1 (D516V) mutasyonu saptanmıştır. INH'ye dirençli olarak belirlenen 16 izolatın sadece 14 (%56)'ünde katG mutasyon probunda katG T1 (S315T1) hibridizasyon paterni gözlenmiştir. Çalışmada, G-MTBDR testi ile RIF'a dirençli olarak belirlenemeyen 2 (%18.2) izolattan birinde DNA dizi analizi ile kodon 531'de (TCG-GCG), diğerinde ise muhtemelen dirençle ilişkili olma¬yan kodon 545'te (CTG—>ATG) mutasyon olduğu belirlenmiştir. Yine INH direnci belirlenemeyen 8 (%32) izolatın 4'ünde DNA dizi analizi ile mutasyonların en yaygın gözlendiği alanın dışında birbirinden farklı mutasyon paternlerine sahip oldukları gösterilmiştir. Bunlar bir izolatta katG geninde kodon 293'te (GCT->ACT), bir izolatta ikili mutasyon şeklinde katG geninde kodon 279'da (GGC->ACC) ve inhA gen bölgesinde 15. C->T şeklinde, bir izolatta inhA gen bölgesinde 15. C->T şeklinde ve bir izolatta katG geninde kodon 279'da (GGC->ACC) şeklindedir. Çalışmamızda DNA membran strip testinin, dirençli M. tuberculosis kompleksi klinik izolatlarında en yaygın görülen mutasyonların hızlı tespitinde faydalı olabileceği ve uygun tedaviye başlamada zaman kazandıracağı kanısına varılmıştır. Ancak bu testin sık görülmeyen mutasyonları belirlemedeki kısıtlılığından dolayı rutin klinik laboratuvarlarda geleneksel duyarlılık testleri ile beraber kullanılması gerekmektedir. Rapid identification of resistant Mycobacterium tuberculosis complex isolates is quite important for the establishment of early and appropriate therapy. The Genotype MTBDR (Hain Lifescience, Nehren, Germany) is a commercially available DNA strip assay designed for the rapid detection of rpoB and katC gene mutations in clinical isolates. This study was conducted to determine the mutation types of phenoty- pically drug resistant 26 M.tuberculosis complex clinical isolates [15 isoniazid (INH), 1 rifampin (RMP) and 10 INH and RMP resistant] by Genotype MTBDR (G-MTBDR) DNA strip assay and to compare the diagnostic performance of this test. Sixteen of 25 (64%) INH-resistant and 9 of 11 (81.8%) RMP-resistant clinical isolates were correctly identified with the presence of hybridization in mutation probe or lack of hybridization at least by one of the wild type probes, by G-MTBDR assay. Hybridization with mutation probes was detected in only 5 of the RMP resistant isolates. We observed rpoB MUT3 (S531L, Ser->Leu) mutation in 4 and rpoB MUTİ (D516V) in one of these isolates. In 56% (14/25) of the INH- resistant isolates, katG Tl (S315T1) hybridization pattern was observed at katC mutation probe. G- MTBDR assay couldn't identify two of the 11 (18.2%) RMP-resistant isolates and one of these isolates was shown to have a mutation at codon 531 (TCG->GCG) and the other at codon 545 (CTG->ATG), possibly not associated with resistance, by sequence analysis. In four of the eight (8/25; 32%) INH-resistant isolates not identified by G-MTBDR assay, DNA cycle sequencing revealed different nucleotide changes outside the most common mutation zone. One of these were at codon 293 (GCT->ACT) in katC, one with dual mutation at 279 (GGC->ACC) in katC and at 15th C->T in inhA gene, one at 15th C—>T in inhA gene and one at 279 (GGC->ACC) in katG gene region. DNA membrane strip assay can be a useful tool for the rapid detection of resistant M.tuberculosis complex isolates and therefore accelerate the initiation of the appropriate treatment. However, due to its restrictions in the determination of relatively rare mutations, this rapid screening test should be used together with conventional susceptibility tests in routine laboratory practices.">

Ulaşmaya çalıştığınız dergi veri tabanımızda bulunmamaktadır. Detaylı bilgi için lütfen editörle iletişime geçiniz, acarindex@gmail.com