RFLP Yönteminin Parazitolojide Uygulama Alanları

Restriksiyon endonükleazlar, çift iplikli kısa DNA dizilerini özgül bölgelerden keserek hedef gen bölgesinin çıkartılmasını sağlayan multifonksiyonel enzimlerdir. Moleküler makaslar olarak da bilinen bu enzimler tip-I, tip-II, tip-III ve homing endonükleazlar olmak üzere dört genel grupta incelenir. Bugün kullanılan enzimlerin çoğu tam hedef bölgeden kesim yapabilen ve özellikle klonlama çalışmalarında tercih edilen tip-II endonükleazlardır. RFLP tekniği ise restriksiyon enzimleri kullanılarak DNA molekülünün farklı büyüklükteki fragmentlere ayrılması ve görüntülenmesi işlemidir. Rekombinat DNA elde edilmesinde, restriksiyon haritalarının oluşturulmasında, popülasyon polimorfizmlerinin belirlenmesinde ve genetik hastalıkların teşhisinde yaygın olarak kullanılan popüler bir yöntemdir. Son zamanlarda yapılan çalışmalarda, protozoonların tanısında ve tür ayrımında da basit, hızlı ve güvenilir bir teknik olması nedeniyle sıklıkla tercih edilmeye başlanmıştır.

Anahtar Kelimeler:

RFLP yöntemi, Parazitoloji, Restriksiyon endonükleazlar

The Application Fields in Parasitology of RFLP Technique

Restriction endonucleases which cut the short double-stranded DNA sequence at their specific regions and remove the target genes from these regions are multifunctional enzymes. These enzymes also known as molecular scissors are examined including four general groups such as type I, type II, type III and homing endonuclease. Tip-II endonucleases that fully capable of cutting from the target zone are the most preferred enzymes in especially cloning studies. RFLP technique is the process for separation of different-sized fragment DNA molecule by using restriction enzymes. This technique is a popular method widely used for obtaining recombinant DNA, the creation of restriction map, identification of population polymorphism, the diagnosis of genetic diseases. In recent studies, this technique often has been preferred for diagnosis of protozoa and differentiation of species due to simple, fast and reliable a technique.

Keywords:

RFLP technique, Parasitology, Restriction endonucleases,

PDF

___

1. Allison L A (2014). Temel moleküler biyoloji (Çeviri Ed: Prof. Dr. Ali Osman Beldüz), Palme Yayıncılık, Ankara
2. Arslan Ö M & İtik Ekinci A 2012. Kars Yöresinde Sığırlarda Cryptosporidium parvum Subtiplerinin Belirlenmesi. Kafkas Universitesi Veteriner Fakultesi Dergisi, 18: (Suppl-A): A221-A216
3. Ayinmode A B, Olakunle F B & Xiao L 2010. Molecular characterization of Cryptosporidium spp. In native calves in Nigeria. Parasitology Research, 107: 1019-1021
4. Balcioglu, C, Tetik A., Turgay N, Kurt O, Ergunay K, Ozensoy Toz S, Sevil N, Dağcı H, Tetik A, Yereli K & Ozbilgin A (2012). Genotyping of Giardia lamblia in a Cohort of Turkish Patients: A Search for a Relationship between Symptoms and Genotypes. Kafkas Universitesi Veteriner Fakultesi Dergisi, 18: (Suppl-A): A125-A131
5. Bulut Y & Doymaz MZ (2001). Uygulamalı moleküler Biyoloji. (Ed: Durmaz R), Restriksiyon endonükleaz enzimleri ve mikrobiyolojideki önemi, Nobel Tıp Kitapevi, Ankara s. 109-122
6. Burenbaatar B, Bakheit M A, Plutzer J, Suzuki N, Igarashi I, Ongerth J, & Karanis P (2008). Prevalence and genotyping of Cryptosporidium species from farm animals in Mongolia. Parasitology research, 102(5): 901-905
7. Campbell N A, Reece J B, Urry L A, Cain M L, Wasserman S A, Minorsky P V, & Jackson R B 2010. Biyoloji (Çeviri Ed: Prof. Dr. Ertunç Gündüz, Prof Dr. İsmail Türkan) Palme Yayıncılık, Ankara
8. Çimen C 2010. Sitogenetik ve moleküler tekniklerin klinikte uygulama alanları. Yüksek Lisans Tezi, Trakya Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Edirne
9. Demirbağ Z (2008). Genetik Mühendisliği. Trabzon s. 43-55
10. Dinçer D, Arca E, Koç E, Topal Y, T Özkan A & Çelebi B 2012. Ülkemizin Endemik Olmayan Bir İlinde (Ankara) Saptanan Leishmania infantum’a Bağlı Bir Kütanöz Leyşmanyazis Olgusu. Mikrobiyoloji Bülteni, 46(3):499-506
11. Eroğlu F (2008). Kutanöz leyişmanyozlu hastalarda etken türlerin PCR-RFLP yöntemi ile tanımlanması. Yüksek Lisans Tezi, Çukurova Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Adana
12. Ferreira I M, Vidal J E, Costa-Silva T A, Meira C S, Hiramoto R M, de Oliveira A C P & Pereira-Chioccola V L (2008). Toxoplasma gondii: Genotyping of strains from Brazilian AIDS patients with cerebral toxoplasmosis by multilocus PCR–RFLP markers. Experimental parasitology, 118(2): 221-227
13. Fontecha G A, Garcial K, Rueda M M, Sosa-Ochoa W, Sanchez A L & Leiva B 2015. A PCR-RFLP method for the simultaneous differentiation of three Entamoeba species. Experimental Parasitology, 151, 80-83
14. Klee J, Besana AM, Genersch E, Gisder S, Nanetti A, Tam D Q, Chinh T X, Puerta F, Ruz J M, Kryger P, Message D, Hatjina F, Korpela S, Fries I & Paxton R J 2007. Widespread dispersal of the microsporidian Nosema ceranae, an emergent pathogen of the western honey bee, Apis mellifera. Journal of Invertebrate Patholology, 96: 1–10
15. Klug W S, Cummings M R & Spencer, C A (2011). Genetik kavramlar, (Çeviri Ed: Prof Dr. Cihan Öner, Prof. Dr. Sibel Sümer, Prof. Dr. Reyhan Öner, Prof. Dr. Ay Öğüş, Prof. Dr. Leyla Açık), Palme Yayıncılık, Ankara
16. Mojarad N E, Keshavarz A, Taghipour N, Haghighi A, Kazemi B & Athari A 2011. Genotyping of Cryptosporidium spp. In clinical samples: PCR-RFLP analysis of the TRAP-C2 gene. Gastroenterology and Hepatology from Bed to Bench, 4(1): 29-33
17. Murray N E (2000). Type I restriction systems: sophisticated molecular machines (a legacy of Bertani and Weigle). Microbiology and Molecular Biolology Reviews 64: 412-434
18. Özcel M A (2009). Moleküler parazitoloji. (Ed.Özcel M.A, Tanyüksel M, Eren H. ), Restriksiyon Endonükleazlar, Türkiye Parazitoloji Derneği yayın No:22, Meta Basım Matbaacılık Hizmetleri, İzmir, s. 376-367.
19. Özerdem D N (2009) Kala-Azarlı hastalarda etken türlerin PCR-RFLP yöntemi ile tanımlanması. Doktora Tezi, Çukurova Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Adana Read C M, Monis P T & Thompson R C A 2004. Discrimination of all genotypes of Giardia duodenalis at the glutamate dehydrogenase locus using PZR-RFLP. Infection Genetics and Evolution, 4: 125-130
20. Rieux A, Paraud C, Pors I & Chartier C 2013. Molecular characterization of Cryptosporidium isolates from pre-weaned calves in western France in relation to age. Veterinary parasitology, 197: 7-12
21. Seferoğlu O 2014. Samsun ve Giresun illerinden alınan su örneklerinde Giardia intestinalis’in moleküler teknikler kullanılarak tespit edilmesi. Yüksek Lisans Tezi, Ordu Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, Ordu
22. Silva F M P, Monobe M M, Lopes R S & Araujo Jr J P 2012. Molecular characterization of Giardia duedenalis in dogs from Brazil. Parasitology Research, 110: 325-334
23. Usluca A & Aksoy Ü 2011. Detection and genotyping of Cryptosporidium spp. in diarrheic stools by PCR/RFLP analyses. Turkish Journal of Medical Science, 41(6): 1029-1036
24. Wong K H, Ng G C, Lin R T, Yoshikawa H, Taylor M B & Tan K S (2008). Predominance of subtype 3 among Blastocystis isolates from a major hospital in Singapore. Parasitology research, 102(4): 663-670
25. Yağcı A 2001. Uygulamalı moleküler Biyoloji (Ed: Durmaz R). Restrıction fragment lenght polymorphism ve polimeraz zincir reaksiyon bazlı tipleme yöntemleri, Nobel Tıp Kitapevi, Ankara, s. 121-109