Ses uyumsuzluğu, Çağatay Türkçesi ve çağdaş Karluk lehçelerinin en önemli fonetik sorunlarından biridir. Söz konusu lehçelerle ilgili yapılan çalışmalarda da bu konu ele alınmıştır. Özellikle Kemal Eraslan, bu konu üzerinde yapmış olduğu çalışmada Çağatay Türkçesi metinlerindeki kalınlık- incelik uyumuna aykırı düşen on bir ek tespit etmiştir. Divân-ı Hikmet’in Kökşetav (Kazakistan) nüshasının ses uyumuna baktığımızda da çeşitli kelime ve ekler arasında sağlam bir uyum olmadığı görülmektedir. Ünlüler kalınlık-incelik uyumu ve düzlük-yuvarlak uyumu olmak üzere iki aşamada irdelenmiştir. Ünsüzler ise tonlu + tonlu ve tonsuz + tonsuz uyumuna uyup uymamalarına bağlı olarak sınıflandırılmış ve ele alınmıştır. Bazı ses değişmelerinden kaynaklanan kelime kökü ve gövde içindeki ses uyumsuzlukları incelenmiştir. Ses uyumunu bozan elliye yaklaşık ek tespit edilmiştir. Bu ses uyumunun dışında kalan eklerin kullanım sıklığı metinde değişiklik göstermektedir. Bu eklerden bazıları, ilk görüldükleri andan itibaren metinlerde genel temayüle aykırı kullanımlarıyla karşımıza çıkmaktadır. Çeşitli nedenlerden dolayı ses değişmesine uğrayan birçok ek, ses uyumunun bozulmasına sebep olmuştur. Makalede, Divân-ı Hikmet’teki ses uyumu incelenmiştir.