Mikroskobik yöntemler, mikrobiyel hücrelerin varlığının belirlenmesinde çok hızlı yöntemlerdir. Standart kültürel yöntemler ile karşılaştırıldığında canlı ve ölü hücrelerin beraberce sayılması gibi bir dezavantajı bulunmakla beraber, hammaddenin mikrobiyel durumu hakkında bilgi vermesi açısından avantaj da taşımaktadır. DEFT, basit direk mikroskobik sayım yöntemlerinden yaklaşık 100 kat daha duyarlı ve sonuçları kültürel sayım ile kıyaslanabilecek kadar doğru sonuçlar veren bir yöntemdir. DEFT yöntemi canlı ve ölü hücreler arasındaki ayrımı sağlamaktadır. Fluorochrome işaretli antikorların kullanımı ile belirli mikroorganizmaların tür düzeyinde tespiti de mümkündür.

Microscopic methods are very rapid methods of detecting the presence of microbial cells. When compared with the standard cultural methods, however microscopy has a disadvantage of counting the live and dead cells together and also has an advantage that it gives information about the microbial load of raw material. DEFT is approximately 100-fold sensitive than other methods of basic direct microscopic counting and gives accurate results in comparison with the cultural counts. DEFT provides the differentiation between the live and dead cells. Also, detection of certain microorganisms is possible by using fluorochrome-labelled antibodies.