Kromozom İmmunopresipitasyon (ChIP) dizileme translripsiyon faktörlerinin genom boyunca bağlanma bölgelerinin saptanması, histon modifikasyonları ve kromotin modifiye edici proteinlerin araştırılmasında kullanılabilir. Bu makalede bu uygulamalardan sadece transkripsiyon faktörü bağlanma bölgelerinin tespitinde ChIP dizileme yönteminin uygulanması tartışılacaktır. Transkripsiyon faktörlerinin genom boyunca bağlanma bölgelerinin saptanması, evrimin , embriyonik gelişimin ve hastalıkların gelişimine neden olan biyolojik süreçlerin altında yatan transkripsiypon düzenleyici ağların anlaşılması için son derece önemlidir. ChIP dizileme metodunda bir transkripsiyon faktörünün bağlandığı DNA parçacıkları ChIP ile elde edilir ve yüksek verimli dizileme uygulanarak dizilenir. Son yıllarda geliştirilmiş olan ChIP dizileme yönteminin önceki yöntemlere göre birçok avantajı bulunmasına rağmen hala çözülmesi gereken bazı zorluklar vardır. Bu makalede bu zorluklardan ve uygulanması gereken stratejilerden bahsedilecektir.