Taze Peynirlerden İzole Edilen Escherichia coli Suşlarının Genotiplendirilmesi

Bu araştırmada, Aydın ilinde üretilen taze peynirlerden izole edilen Escherichia coli suşlarının RAPD-PCR yöntemi ile genotiplendirilerek filogenetik yakınlıklarının ve ekolojik çeşitliliklerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla, Aydın ili ve çevresinde farklı mandıralarda üretilip, mandıra satış noktalarında, marketlerde ve semt pazarlarında satışa sunulan toplam 100 adet taze peynir numunesi koliform bakteri sayısı ile E. coli varlığı yönünden incelenmiştir. Her bir numuneden 250 gram olacak şekilde steril poşetler içerisinde soğuk zincir altında laboratuvara getirilmiştir. Taze peynir örneklerinin zenginleştirilmiş ve selektif besiyerlerine ekimlerini takiben izole edilen E.coli şüpheli bakterilerin biyokimyasal yöntemlerle identifikasyonu yapılmıştır. İdentifikasyon sonuçları PCR ile doğrulanmıştır. İzole edilen E.coli suşları RAPD-PCR yöntemi ile genotiplendirilmiştir. Sonuç olarak araştırmamızda 77 adet taze peynir örneğinde ortalama 4,83 log kob/g koliform bakteri saptanmış, koliform bakteri saptanan 77 adet taze peynir örneğinin 22 sinden 44 adet E.coli izolatı elde edilmiştir. Elde edilen 44 adet izolat PCR yöntemi ile de E.coli olarak doğrulanmıştır. Bu izolatların RAPD-PCR ile genotiplendirilmesi sonucu 22 farklı genotip belirlenmiştir.

Anahtar Kelimeler:

Taze peynir, E.coli, RAPD-PCR, genotiplendirme

PDF

___

1. Abd El-Razik KA, Abderrahman KA, Ahmed YF, Gomaa AM, Eldebaky HA, (2010). Direct Identification of Major Pathogens of the Bubaline Subclinical Mastitis in Egypt using PCR. Journal of American Science , 6(10), 652-660.
2. Ahmed AH, Ahmed SH, Moustafa K, (1988). Occurence of Fecal Coliforms and Enteropathogenic Escherichia coli(EEC) in Egyptian Soft Cheese. Journal of Food Production, 51 (6), 442-444.
3. Arslan S, Özdemir F, (2013). Investigation of Escherichia coli O157 in Turkish homemade White Cheese. Istanbul University Faculty of Science Journal of Biology, 72(1), 45-51.
4. Bingöl BE, Çetin Ö, Çolak H, Hampikyan H, (2012). Presence of enterotoxin and verotoxin in Turkish cheeses sold in İstanbul. Turkish Journal of Veterinary and Animal Sciences, 36(4), 424-432.
5. Çiftci A, Fındık A, Onuk EE, Savasan S, (2009). Detection of methicillin resistance and slime factor production of Staphylococcus aureus in bovine mastitis. Brazillian Journal of Microbiology, 40, 254-261.
6. Doğan BH, Çakır İ, Keven F, Coşansu S, Kıral N, Dağer İT, Gürsu G, Halkman KA, (2001). Çeşitli Gıdalarda Koliform, Fekal Koliform ve E. coli Varlığı. Gıda , 6(2), 83-90.
7. Dufty G, Whiting R, Sheridan J, (1999). The Effect of Competitive Microflora, pH and temperature on the growth kinetics of Escherichia coli O157:H7. Food Microbiology, 16, 299-307.
8. Ergüllü E, (1980). Beyaz peynirlerin olgunlaşması sırasında mikrofloranın, özellikle gaz yapan bakterilerin değişimi üzerine araştırmalar. Ege Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi, s.21.
9. Food and Agriculture Organisation (FAO), (2011). Preventing E. coli in Food, 231.
10. Food and Drug Administration (FDA), (2016). FY 2014- 2016 Microbiological Sampling Assigment. Summary Report: Raw Milk Cheese Aged 60 days. Office of Complience, Center for Foood Safety and Applied Nutrition.
11. Food and Drug Administration (FDA), (2016). Diarrheagenic Escherichia coli. Authors: Peter Feng, Stephen D. Weagent, Karen Jinneman. Bacteriological Analytical Manual, Chapter 4A.
12. Halkman KA, (2005). Merck Gıda Mikrobiyolojisi Uygulamaları. Başak Matbaacılık, Ankara, 141-182.
13. Halkman KA, (2013). Gıda Mühendisliği II. Ders Notları, Ankara Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Gıda Mühendisliği Bölümü, Ankara, 24-31.
14. Heperkan D, Sarıyar L, Aytekin A, (1994). Peynirlerde Escherichia coli Gelişmesi ve Hijyenin Önemi. Animal, 9, 87-95.
15. Kaper JB, Natro JP, Mobely HLT, (2004). Pathogenic E. coli Natural. Review. Microbiology, 2, 123-140.
16. Kaynar Z, Kaynar P, Koçak C, (2005). Ankara Piyasasında Tüketime Sunulan Beyaz Peynirlerin Hijyenik Kalitelerinin Belirlenmesi Üzerine Bir Araştırma. Türk Hijyen Deneysel Biyoloji Dergisi, 62(1,2,3), 1-10.
17. Keskin Y, Özyaral O, Başkaya R, Susur M, (2006). Semt pazarlarında satılan beyaz peynirlerin mikrobiyolojik kalitesinin araştırılması. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi, 36, 9-19.
18. Kousta M, Mataragos M, Skandomis P, Drosinos EH, (2010). Prevalance and sources of cheese contamination with pathogens at farm and processing levels. Food Control, 21(6), 808-815.
19. Ladan NM, Reza G, (2006). A study on enteropathogenic Escherichia coli isolated from domestic Iranian soft cheese. The Journal of Veterinarski Arhiv, 76, 531-536.
20. Madic J, Vingadassalon N, Garam P, Marault M, Sceutz F, Brugere H, Jamet E, Auvrey F, (2011). Detection of Shiga Toxin Producing Escherichia coli Serotypes O26:H11, O103:H2, O111:H8, O145:H28 and O157:H7 in Raw Milk Cheeses by Using Multiplex Real-Time PCR. Applied and Environmental Microbiology, 2035-2041.
21. Paneto BR, Hurrino SRP, Macedo C, Santo E, Marin JM, (2007). Occurence of toxigenic Escherichia coli in raw milk cheese in Brazil. Arquivo Brasileiro de Medicina Veterinaria e Zootecnia, 59(2).
22. Pamela L, Rinemann D, Kathryn H, (2008). The Effect of Milking Management on Microbial Quality Presented at XII. Curso. Novas Enfoques Na producose reproduced de Bovinos, Uberlandia, Brazil.
23. Quinto EJ, Cepeda A, (1997). Incidence of toxigenic Escherichia coli in soft cheese made with raw or pasteurized milk. Letters in Applied Microbiology, 24, 291-295.
24. Roberts D, Greenwood M, (2003). Practical Food Microbiology. 3rd edition, Blackwell Publishing, 150-170.
25. Stephan R, Schumacher S, Corti S, Krause G, Danuser J, Beutin L, (2008). Prevalence and Characteristics of Shiga Toxin Producing Escherichia coli in Swiss Raw Milk Cheeses Collected AT Producer Level. Journal of Dairy Science, 91(7), 2561-2565.
26. Tan S, Ertürk YE, (2002). Peynir. TEAE Bakış Dergisi, 1(11), 1-4.
27. Tekinşen KK, Özdemir Z, (2006). Prevalence of the foodborne pathogens in Turkish Van otlu (herb) cheese. Food Control, 17(9), 707-711.
28. Töreci K, (2002). Escherichia türleri. İnfeksiyon Hastalıkları ve Mikrobiyolojisi, 2.baskı, 1564-1574.
29. Tunail N, (1999). Mikrobiyel enfeksiyonlar ve intoksikasyonlar. In: Akçelik M, Aydar LY, Ayhan K, Çakır İ, Doğan HB. Gıda Mikrobiyolojisi ve Uygulamaları. Armoni Matbaacılık Ltd. Şti., Ankara, 59-90.
30. Üçüncü M, (2013). Süt ve Mamülleri Teknolojsi. Meta Basım Matbaacılık, İzmir.
31. Versalovic J, Koeuth T, Lupski JR, (1991). Distribution of repetitive DNA sequences to fingerprinting of bacterial genomes. Nucleic Acids Research, 19(24), 6823-6831.