Sularda, İnsan Enfeksiyonları ile İlişkili Norovirus Genogruplarının Real-Time PCR Yöntemi ile Saptanması

Öz İnsan norovirüsü (HNoV), çevresel etkenlere oldukça dirençli bir RNA virüsüdür ve akut viral gastroenteritin nedeni olan ana etkenlerden birisidir. Hızlı evrim yeteneği nedeniyle 7 genogrubu vardır ve bunlardan GI, GII ve GIV insan enfeksiyonları ile ilişkilidir. Sular HNoV için salgın aracı olarak tanımlamaktadır. Bu bilgiler ışığında, çalışmamızda, lokal kuyular ve derelerden alınan su numunelerinde özellikle insanlarda enfeksiyonları ile ilişkili HNoV genogrup (G)I, GII ve GIV varlığının gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (real-time PCR) ile tanımlanarak moleküler epidemiyolojik bir veri sağlanması amaçlanmıştır.

Kaynakça

1. Atmar RL, (2010). Noroviruses – State of the Art. Food and environmental virology. 2(3), 117-126. doi:10.1007/ s12560-010-9038-1.

2. Aw TG, Gin KY-H, Ean Oon LL, Chen EX, Woo CH, (2009). Prevalence and Genotypes of Human Noroviruses in Tropical Urban Surface Waters and Clinical Samples in Singapore. Applied and Environmental Microbiology. 75(15), 4984-4992. doi:10.1128/AEM.00489-09.

3. Da Silva AK, Le Saux J-C, Parnaudeau S, Pommepuy M, Elimelech M, Le Guyader FS, (2007). Evaluation of Removal of Noroviruses during Wastewater Treatment, Using Real-Time Reverse Transcription-PCR: Different Behaviors of Genogroups I and II. Applied and Environmental Microbiology. 73(24), 7891-7897. doi:10.1128/AEM.01428-07.

4. Delgado-Gardea MCE, Tamez-Guerra P, Gomez-Flores R, Mendieta-Mendoza A, Zavala-Díaz de la Serna FJ, Contreras-Cordero JF, Erosa-de la Vega G, Pérez-Recoder MC, Sánchez-Ramírez B, González-Horta C, Infante- Ramírez R, (2017). Prevalence of Rotavirus Genogroup A and Norovirus Genogroup II in Bassaseachic Falls National Park Surface Waters in Chihuahua, Mexico. International Journal of Environmental Research and Public Health.14(5), 482. doi:10.3390/ijerph14050482.

5. Huang X-Y, Su J, Lu Q-C, Li SZ, Zhao JY, Li ML, Li Y, Shen X-J, Zhang B-F, Wang H-F, Mu Y-J, Wu S-Y, Du Y-H, Liu L-C, Chen W-J, Klena JD, Xu B-L, (2017). A large outbreak of acute gastroenteritis caused by the human norovirus GII.17 strain at a university in Henan Province, China. Infectious Diseases of Poverty. 6, 6. doi:10.1186/ s40249-017-0236-z.

6. Jalava K, Rintala H, Ollgren J, Maunula L, Gomez-Alvarez V, Revez J, Palander M, Antikainen J, Kauppinen A, Räsänen P, Siponen S, Nyholm O, Kyyhkynen A, Hakkarainen S, Merentie J, Pärnänen M, Loginov R, Ryu H, Kuusi M, Siitonen A, Miettinen I, Santo Domingo JW, Hänninen M-L & Pitkänen T, (2014). Novel Microbiological and Spatial Statistical Methods to Improve Strength of Epidemiological Evidence in a Community-Wide Waterborne Outbreak. PLoS ONE. 9(8), e104713. doi:10.1371/journal.pone.0104713.

7. Joung HK, Han SH, Park S-J, Jheong WH, Ahn TS, Lee JB, Jeong Y-S, Jang KL, Lee G-C, Rhee O-J, Park J-W, Paik SY, (2013). Nationwide Surveillance for Pathogenic Microorganisms in Groundwater near Carcass Burials Constructed in South Korea in 2010. International Journal of Environmental Research and Public Health. 10(12), 7126-7143. doi:10.3390/ijerph10127126.

8. Kaplan JE, Goodman RA, Schonberger LB, Lippy EC, Gary GW, (1982). Gastroenteritis due to Norwalk virus: an outbreak associated with a municipal water system. J Infect Dis. 146(2), 190-197.

9. Kauppinen A, Miettinen IT, (2017). Persistence of Norovirus GII Genome in Drinking Water and Wastewater at Different Temperatures. Pathogens. 6(4), 48. doi:10.3390/ pathogens6040048.

10. Kazama S, Miura T, Masago Y, Konta Y, Tohma K, Manaka T, Liu X, Nakayama D, Tanno T, Saito M, Oshitani H, Omura T, (2017). Environmental Surveillance of Norovirus Genogroups I and II for Sensitive Detection of Epidemic Variants. Applied and Environmental Microbiology. 83(9), e03406-16. doi:10.1128/AEM.03406-16.

11. Kim MS, Koo ES, Choi YS, Kim JY, Yoo CH, Yoon HJ, Kim T-O, Choi HB, Kim JH, Choi JD, Park K-S, Shin Y, Kim Y-M, Ko GP, Jeong YS, (2016). Distribution of Human Norovirus in the Coastal Waters of South Korea. PLoS ONE. 11(9),e0163800. doi:10.1371/journal.pone.0163800.

12. Koo ES, Kim MS, Choi YS, Park K-S, Jeong YS. (2017). Occurrence of novel GII.17 and GII.21 norovirus variants in the coastal environment of South Korea in 2015. PLoS ONE. 12(2), e0172237. doi:10.1371/journal.pone.0172237.

13. Lee B-R, Lee S-G, Park J-H, Kim KY, Ryu SR, Rhee OJ, Park J-W, Lee J-S, Paik S-Y, (2013). Norovirus Contamination Levels in Ground Water Treatment Systems Used for Food-Catering Facilities in South Korea. Viruses. 5(7), 1646-1654. doi:10.3390/v5071646.

14. Lodder WJ, de Roda Husman AM, (2005). Presence of Noroviruses and Other Enteric Viruses in Sewage and Surface Waters in The Netherlands. Applied and Environmental Microbiology. 71(3), 1453-1461. doi:10.1128/AEM.71.3.1453-1461.2005.

15. Masago Y, Konta Y, Kazama S, Inaba M, Imagawa T, Tohma K, Saito M, Suzuki A, Oshitani H, Omura T, (2016). Comparative Evaluation of Real-Time PCR Methods for Human Noroviruses in Wastewater and Human Stool. PLoS ONE. 11(8), e0160825. doi:10.1371/journal.pone.0160825.

16. Miura T, Parnaudeau S, Grodzki M, Okabe S, Atmar RL, Le Guyader FS (2013). Environmental Detection of Genogroup I, II, and IV Noroviruses by Using a Generic Real-Time Reverse Transcription-PCR Assay. Applied and Environmental Microbiology. 79(21), 6585-6592. doi:10.1128/AEM.02112-13.

17. Pouillot R, Van Doren JM, Woods J, Plante D, Smith M, Goblick G, Roberts C, Locas A, Hajen W, Stobo J, (2015). Meta-Analysis of the Reduction of Norovirus and Male- Specific Coliphage Concentrations in Wastewater Treatment Plants. Applied and Environmental Microbiology. 81(14), 4669-4681. doi:10.1128/AEM.00509-15.

18. Schultz AC, Perelle S, Di Pasquale S, Kovac K, De Medici D, Fach P, Sommer HM, Hoorfar J, (2011). Collaborative validation of a rapid method for efficient virus concentration in bottled water. Int J Food Microbiol. 1;145 Suppl 1:S158- 66. doi: 10.1016/j.ijfoodmicro.2010.07.030.

19. Siqueira JAM, Bandeira R da S, Oliveira D de S, dos Santos LFP, Gabbay YB (2017). Genotype diversity and molecular evolution of noroviruses: A 30-year (1982- 2011) comprehensive study with children from Northern Brazil. PLoS ONE. 12(6), e0178909. doi:10.1371/journal. pone.0178909.

20. Timurkan MÖ, Aydin H, Aktaş O, (2017). Frequency and molecular characterization of human norovirus in Erzurum, Turkey. Turk J Med Sci. 12;47(3), 960-966. doi: 10.3906/sag-1509-87.

21. Vantarakis A, Mellou K, Spala G, Kokkinos P, Alamanos Y, (2011). A Gastroenteritis Outbreak Caused by Noroviruses in Greece. International Journal of Environmental Research and Public Health. 2011;8(8), 3468-3478. doi:10.3390/ ijerph8083468.

Kaynak Göster

APA Demirci, M , Yiğin, A , Eser, N , Dinç, H . (2018). Sularda, İnsan Enfeksiyonları ile İlişkili Norovirus Genogruplarının Real-Time PCR Yöntemi ile Saptanması . Etlik Veteriner Mikrobiyoloji Dergisi , 29 (2) , 121-126 . DOI: 10.35864/evmd.513514

962 223

Arşiv
Sayıdaki Diğer Makaleler

Türkiye’de Kronik İshalli Kedilerde Tritrichomonas foetus’ün Araştırılması ve Risk Faktörlerinin Belirlenmesi

Didem PEKMEZCİ, Gökmen Zafer PEKMEZCİ, Ümit ÖZCAN, Duygu DALGIN, Mehmet TÜTÜNCÜ

Ekotoksikoloji Alanında Balık Hücre Hatlarının Kullanımı

Aylin PEHLİVAN, Enes ATMACA, Abdurrahman AKSOY

Yenidoğan Buzağı İshallerinin Önemli Viral Etkenlerinden Caliciviruslar

İlke KARAYEL HACIOĞLU, Feray ALKAN

Lactococcus garvieae İzolatlarının Antimikrobiyal Direnç Profillerinin Fenotipik ve Genotipik Olarak Belirlenmesi

İlker HANCI, Ertan Emek ONUK

The First Detection and Phylogenetic Analysis of Bovine Astrovirus from Diarrheic Calves in Turkey

Turhan TURAN, Hakan IŞIDAN

Kuzey Kıbrıs Türk Cumhuriyeti’nde Hayvanlardan İzole Edilen Stafilokok Türlerinin Metisilin Dirençliliği Üzerine Retrospektif Bir Çalışma

Hüban GÖÇMEN, Halit ŞÜKÜR, Hazel TAMAKAN, Ömer Memduh ESENDAL

Subklinik Mastitis’in Anadolu Mandalarının Süt Kompozisyonundaki Bazı Biyokimyasal Parametrelere Etkisi

Hande GÜRLER, Gülay ÇİFTCİ, Ayhan BAŞTAN

Rekombinant DNA Teknolojisinin Veteriner Aşılarda Kullanımı

Merve Gizem SEZENER, Alper ÇİFTCİ, Arzu FINDIK

Gökkuşağı Alabalığı Kökenli Listonella anguillarum İzolatlarının Fenotipik ve Genotipik Karakterizasyonu

Ertan Emek ONUK, Soner ALTUN, Muhammed DUMAN, İzzet Burçin SATICIOĞLU, Hamit Kaan MÜŞTAK

Türkiye’de Sık Rastlanan Salmonella Enteritidis Serovarlarına Spesifik Bakteriyofajların İzolasyonu

Zafer ATA