Kanatlı Kökenli Escherichia coli’lerin Filogruplandırılması

Filogruplandırma, Escherichia coli suşlarının karakteristik özelliklerinin anlaşılması, enfeksiyonların önlenmesi, kontrol edilmesi ve yeni tedavi yöntemlerinin belirlenmesinde önemli rol oynamaktadır. Bu çalışmada, kanatlı kökenli avian patojenik E. coli (APEC) ve avian fekal E. coli (AFEC) suşlarının filogruplandırılması amaçlandı. Çalışmada 150 adet APEC ve 150 adet AFEC suşunun filogruplandırılması kuadrupleks PCR metodu ile gerçekleştirildi. Çalışma sonucu 150 APEC suşunun 4’ü A (%2.66), 43’ü B1 (%28.66), 38’i B2 (%25.33), 2’si C (%1.33), 18’i E (%12), 5’i F (%3.33), 1’i Clade I (%0.66), 2’si negatif (%1.33) olarak belirlenirken 37 (%24.66) suş gruplandırılamadı. İncelenen 150 AFEC suşunun ise 5’i A (%3.33), 8’i B1 (%5.33), 16’sı B2 (%10.66), 16’sı C (%10.66), 1’i D (%0.66), 27’si E (%18), 9’u F (%6), 3’ü Clade I veya Clade II (%2) olarak gruplandırılırken 51 (%34) gruplandırılmadı. Escherichia coli enfeksiyonlarının önlenmesi amacıyla geliştirilecek olan aşılarda yersel suşların kullanılması ve bu suşlara ait özelliklerin belirlenmesi gerektiği bilinmektedir. Bu nedenle, elde edilen sonuçlar epidemiyolojik açıdan önem taşımaktadır. Bununla birlikte çalışma sonunda, genotipik olarak çeşitlilik gösteren E. coli suşlarından, özellikle APEC suşlarının, daha detaylı genotipik analizler yapılarak yeni filogrupların araştırılması gerektiği vurgulandı.

Anahtar Kelimeler:

AFEC, APEC, Escherichia coli, filogruplandırma

PDF

___

1. Clermont O, Stephane B, Edouard B, (2000). Rapid and Simple Determination of the Escherichia coli Phylogenetic Group. Applied Environ Microbiol. 4555-4558.
2. Clermont O, Julia KC, Erick D, David MG, (2013). The Clermont Escherichia coli phylo-typing method revisited: improvement of specificity and detection of new phylogroups. Environ Microbiol Rep. 5(1), 58-65.
3. Fernanda MC, Diniz SA, Silva MX, Jamili MSM, Barbosa SM, Lage AP, Heinemann MB, (2015). Phylogenetic Group Determination of Escherichia coli Isolated from Animals Samples. Sci World J. 4 pages http://dx.doi. org/10.1155/2015/258424.
4. Gyles CL, Fairbrother JM, (2010). Escherichia coli. Carlton LG, John FP, Glenn S, Charles OT. eds. Pathogenesis of Bacterial Infections in Animals, Fourth edition. Blackwell Publishing, Hoboken, New Jersey, ABD. p. 267 – 307.
5. Johnson JR, Stell AL, (2000). Extended virulence genotypes of Escherichia coli strains from patients with urosepsis in relation to phylogeny and host compromise. J Infect Dis. 181, 261-272.
6. Köhler CD, Dobrindt U, (2011). What defines extraintestinal pathogenic Escherichia coli? Int J Med Microbiol. 301, 642-647.
7. Logue CM, Wannemuehler Y, Nicholson BA, Doetkott C, Barbieri NL, Nolan LK, (2017). Comparative Analysis of Phylogenetic Assignment of Human and Avian ExPEC and Fecal Commensal Escherichia coli Using the (Previous and Revised) Clermont Phylogenetic Typing Methods and its Impact on Avian Pathogenic Escherichia coli (APEC) Classification. Front Microbiol. 8, 283.
8. Picard B, Garcia JS, Gouriou S, Duriez P, Brahimi N, Bingen E, Elion J, Denamur E, (1999). The link between phylogeny and virulence in Escherichia coli extra-intestinal infection. Infect Immun. 67, 546–553.
9. Ramadan H, Awad A, Ateya A, (2016). Detection of phenotypes, virulence genes and phylotypes of avian pathogenic and human diarrheagenic Escherichia coli in Egypt. J Infect Dev Ctries. 10(6), 584-591.
10. Rasidbegovic E, Kavazovic A, (2008). Gljivične i bakterijske bolesti ptica. Veterinarski fakultet, Sarajevo univerzitet, Bosna i Hercegovina. p: 73-86.
11. Whittam TS, Ochman H, Selander RK, (1983). Geographic components of linkage disequilibrium in naturalpopulations of Escherichia coli. Mol Biol Evol, 1, 67–83.