Ülkemiz Turnip Mosaic Virus Bamya İzolatının Tüm Genom Analizi

Öz Turnip mosaic virus (TuMV) dünyada konukçusu olduğu bitkilerin yetiştirildiği bölgelerde ekonomik düzeyde zarara neden olmaktadır. Dünyada son yıllarda yapılan bir çalışmada virüsün Brassicaceae familyasındaki bitkilerin dışında bamyayı da enfekte ettiği belirlenmiştir. Bu çalışma kapsamında bamyayı enfekte eden bir TuMV izolatının tüm genom dizi analizi yapılmıştır. Genom dizilimi belirlenen bamya TuMV izolatının dünya izolatları ile karşılaştırılması sonucunda nükleotit düzeyinde %77-93, amino asit düzeyinde ise %89-97 oranında benzerliklere sahip olduğu bulunmuştur. Filogenetik analizler sonucunda ise bamya TuMV izolatının basal-B filogenetik grubunda yer aldığı görülmüştür. Bu çalışma ile ülkemizde ilk defa bamyayı enfekte eden bir TuMV izolatının genom düzeyinde moleküler karaktezasyonu gerçekleştirilmiştir.
Anahtar Kelimeler:

RT-PCR, BENZERLİK, FİLOGENETİK

Kaynakça

Akbay, C., Candemir, S., Orhan, E. (2005) Türkiye’de yaş meyve ve sebze ürünleri üretim ve pazarlaması. Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi Fen ve Mühendislik Dergisi 8 (2): 96-107.

Asare-Bediako, E., Van der Puije, G.C., Taah, K.J., Abole, E.A., Baidoo, A. (2014) Prevalence of okra mosaic and leaf curl diseases and Podagrica spp. damage of okra (Albelmoschus esculentus) plants. International Journal of Current Research and Academic Review 2 (6): 260-271.

Farzadfar, S., Tomitaka, Y., Ikematsu, M., Golnaraghi, A. R., Pourrahim, R., Ohshima, K. (2009) Molecular characterisation of turnip mosaic virus isolates from brassicaceae weeds. European journal of plant pathology 124 (1): 45-55.

Gera, A., Lampel M., Cohen, J., Rosner, A. (2001) Okra (Hibiscus esculentus)—a new host of turnip mosaic virus in Israel. Plant Disease 85 (3): 336.

Gökdağ, S., Karanfil, A., Korkmaz, S. (2016) Çanakkale ili ıspanak alanlarındaki şalgam mozaik virüsü ve hıyar mozaik virüsü varlığının belirlenmesi. Bahçe, özel sayı 2: 166-170.

Karanfil, A. (2020). Researchıng of usability of different total nucleic acid isolation methods in detection of potyvirus infections by RT-PCR. International Van Conference on Applied Sciences 43.

Karanfil, A., Korkmaz, S. (2019) Bamya bitkisinde şalgam mozaik virüsü (turnip mosaic virus)’nün tespiti ve moleküler karakterizasyonu. Bitki Koruma Bülteni 59 (3): 79-87.

Karanfil, A., Korkmaz, S. (2020) Çanakkale ve Tekirdağ illeri kanola üretim alanlarında önemli virüs hastalıklarının tanılanması ve karakterizasyonu. Ege Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi 57 (1): 53-62.

Korkmaz, S., Karanfil A. (2017). Detection of turnip mosaic virus from brassica plants by serological and molecular methods in Çanakkale, Turkey. 2nd International Balkan Agriculture Congress, 60.

Korkmaz, S, Tomitaka, Y., Onder, S., Ohshima, K. (2008) Occurrence and molecular characterization of Turkish isolates of Turnip mosaic virus. Plant Pathology 57 (6): 1155-1162.

Korkmaz, S., Cevik, B., Karanfil, A., Onder, S., Ohshima, K. (2020) Phylogenetic relationships and genetic structure of populations of turnip mosaic virus in Turkey. European Journal of Plant Pathology 156 (2): 559-569.

Lamont, W.J. (1999) Okra-A versatile vegetable crop. HortTechnology 9 (2): 179-184.

Li, R., Mock, R., Huang, Q., Abad, J., Hartung, J., Kinard, G. (2008) A reliable and in expensive method of nucleic acid extraction for the pcr-based detection of diverse plant pathogens. Journal of Virological Methods 154 (1-2): 48-55.

Muhire, B.M., Varsani, A., Martin, D.P. (2014). SDT: A virus classification tool based on pairwise sequence alignment and identity calculation. PLoS One, 9: 0108277.

Ohshima, K., Yamaguchi, Y., Hirota, R., Hamamoto, T., Tomimura, K., Tan, Z.Y., Sano, T., Azuhata, F., Walsh, J.A., Fletcher, J.,

Chen, J.S., Gera, A., Gibbs, A. (2002). Molecular evolution of turnip mosaic virus: evidence of host adaptation, genetic recombination and geographical spread, Journal of General Virology, 83 (6): 1511-21.

Provvidenti, R., Brunt, A.A., Crabtree, K., Dallwitz, M.J., Gibbs, A.J., Watson, L. (1996) Turnip mosaic potyvirus, Viruses of Plants, CAB International, Wallingford, UK.

Shevchenko, O., Yasaka, R., Tymchyshyn, O., Shevchenko, T., ve Ohshima, K. (2018) First evidence of the occurrence of Turnip mosaic virus in Ukraine and molecular characterization of its isolate. Journal of Phytopathology 166 (6): 429-437.

Wang, H.Y., Liu, J.L., Gao, R., Chen, J., Shao, Y.H., Li, X.D. (2009) Complete genomic sequence analyses of Turnip mosaic virus basal-BR isolates from China. Virus Genes 38 (3): 421-428.

Yasaka, R., Fukagawa, H., Ikematsu, M., Soda, H., Korkmaz, S., Golnaraghi, A., Ohshima, K. (2017) The timescale of emergence and spread of turnip mosaic potyvirus. Scientific Reports 7 (1): 1-14.

Kaynak Göster

Bibtex @araştırma makalesi { cutarim929744, journal = {Çukurova Tarım ve Gıda Bilimleri Dergisi}, issn = {2636-7874}, eissn = {2630-6034}, address = {Çukurova Tarım Gıda Bil. Der. Çukurova Üniversitesi Ziraat Fakültesi Yayın Ünitesi Balcalı-Sarıçam 01330 Adana}, publisher = {Çukurova Üniversitesi}, year = {2021}, volume = {36}, pages = {139 - 148}, doi = {}, title = {Ülkemiz Turnip Mosaic Virus Bamya İzolatının Tüm Genom Analizi}, key = {cite}, author = {Demir, Gözde and Korkmaz, Savaş} }
APA Demir, G , Korkmaz, S . (2021). Ülkemiz Turnip Mosaic Virus Bamya İzolatının Tüm Genom Analizi . Çukurova Tarım ve Gıda Bilimleri Dergisi , 36 (1) , 139-148 .
MLA Demir, G , Korkmaz, S . "Ülkemiz Turnip Mosaic Virus Bamya İzolatının Tüm Genom Analizi" . Çukurova Tarım ve Gıda Bilimleri Dergisi 36 (2021 ): 139-148 <
Chicago Demir, G , Korkmaz, S . "Ülkemiz Turnip Mosaic Virus Bamya İzolatının Tüm Genom Analizi". Çukurova Tarım ve Gıda Bilimleri Dergisi 36 (2021 ): 139-148
RIS TY - JOUR T1 - Ülkemiz Turnip Mosaic Virus Bamya İzolatının Tüm Genom Analizi AU - Gözde Demir , Savaş Korkmaz Y1 - 2021 PY - 2021 N1 - DO - T2 - Çukurova Tarım ve Gıda Bilimleri Dergisi JF - Journal JO - JOR SP - 139 EP - 148 VL - 36 IS - 1 SN - 2636-7874-2630-6034 M3 - UR - Y2 - 2021 ER -
EndNote %0 Çukurova Tarım ve Gıda Bilimleri Dergisi Ülkemiz Turnip Mosaic Virus Bamya İzolatının Tüm Genom Analizi %A Gözde Demir , Savaş Korkmaz %T Ülkemiz Turnip Mosaic Virus Bamya İzolatının Tüm Genom Analizi %D 2021 %J Çukurova Tarım ve Gıda Bilimleri Dergisi %P 2636-7874-2630-6034 %V 36 %N 1 %R %U
ISNAD Demir, Gözde , Korkmaz, Savaş . "Ülkemiz Turnip Mosaic Virus Bamya İzolatının Tüm Genom Analizi". Çukurova Tarım ve Gıda Bilimleri Dergisi 36 / 1 (Haziran 2021): 139-148 .
AMA Demir G , Korkmaz S . Ülkemiz Turnip Mosaic Virus Bamya İzolatının Tüm Genom Analizi. Çukurova Tarım Gıda Bil. Der.. 2021; 36(1): 139-148.
Vancouver Demir G , Korkmaz S . Ülkemiz Turnip Mosaic Virus Bamya İzolatının Tüm Genom Analizi. Çukurova Tarım ve Gıda Bilimleri Dergisi. 2021; 36(1): 139-148.
IEEE G. Demir ve S. Korkmaz , "Ülkemiz Turnip Mosaic Virus Bamya İzolatının Tüm Genom Analizi", Çukurova Tarım ve Gıda Bilimleri Dergisi, c. 36, sayı. 1, ss. 139-148, Haz. 2021
  • ISSN: 2636-7874
  • Yayın Aralığı: Yılda 2 Sayı
  • Yayıncı: Çukurova Üniversitesi

3.3b 5b

Sayıdaki Diğer Makaleler

Farklı Seyreltik Sodyum Hidroksit Ön İşlem Metotlarının Kargı Kamışı (Arundo donax L.) Bitkisinden Fermente Olabilir Şeker ve Etanol Üretimine Etkileri

Recep İrfan NAZLI

Artan Dozlarda Bor Uygulamasının İki farklı Zeytin (Olea europaea L.) Çeşidinin Yeşil Aksam Bor Konsantrasyonu ve Bazı Besin Elementleri Alımı Üzerine etkisi

Sadettin BOZGEYİK, Ayfer ALKAN TORUN

Bitkisel ve Hayvansal Proteinlerin Eriştenin Tekstürel ve Duyusal Özelliklerine Etkisi

Meryem GÖKSEL SARAÇ

Turunçgiller İhracatı Yapan Firmaların Yapısal Analizi: Antalya İli Örneği

Ali TAT, Deniz SARICA

Mangalda Pişirilmiş Sebzelerin Polisiklik Aromatik Hidrokarbon İçeriği

Emel OZ, Adem SAVAŞ, Elif EKİZ, Fatih ÖZ

Ricania japonica (Hemiptera: Ricaniidae)’nın Biyolojik Mücadelesinde Kullanılabilecek Potansiyel Doğal Düşmanların Belirlenmesi

Mustafa TÜFEKLİ, Şebnem TİRENG KARUT, Vahdettin AKMEŞE, Reyhan SEKBAN, Emine AYDIN, Şemsi KARADENİZ

Hıyar (Cucumis sativus L.) Bitkilerinde Kadmiyum Toksisitesinin Fotosentetik Aktivite Üzerindeki Etkileri

Ali DOĞRU

Ülkemiz Turnip Mosaic Virus Bamya İzolatının Tüm Genom Analizi

Gözde DEMİR, Savaş KORKMAZ

Susam Bitkisi (Sesamum indicum)’nin Farklı Dokularında Susam Fillodi Hastalığının Araştırılması

Ömer ERBİL, Nuket ONELGE, Orhan BOZAN

Bazı Domates Çeşitlerinin Milas (Muğla) Tarla Koşullarında Tuta absoluta’nın Ergin Öncesi Popülasyon Yoğunluklarına Etkileri

Yaşar Mutlu TÜRKMEN, Cengiz KAZAK