Balkan Savaşı geniş çaplı nüfus hareketlerine neden oldu. Osmanlı Devleti açısından, Balkan topraklarının kaybedilmesi ile birlikte buralarda yaşayan Müslüman ahali Anadolu'ya göç etmek zorunda kaldı. Müslüman göçünün yaşandığı bu zamanda Trakya ve Batı Anadolu'da yaşayan Rumlarda Yunanistan'a göç ettiler. İşte bu "Rum Göçü" konusu, Fuat Dündar tarafından "Modern Türkiye'nin Şifresi" kitabında, İttihat ve Terakki'nin gayrimüslimlere uyguladığı iskan politikaları bağlamında ele alınmıştır. Fuat Dündar kitabında çok önemli iddialar ileri sürmüş ve bu iddiaları Osmanlı arşiv belgelerine dayandırdığını söylemiştir. Ancak kitapta referans verilen arşiv belgelerinin okunmasında ve değerlendirilmesinde çok ciddi yanlışlıklar yapılmıştır. Kitabın küçük bir bölümünde görülen bu yanlışlıklar, kitapta ele alınan diğer gayrimüslimlerle ilgili ortaya konulan tezlerle alakalı ciddi soru işareti doğurmaktadır.

The Balkan War caused large scale population movements. From the point of the Ottoman State, following the loss of Balkan lands Muslim people living in the area were obliged to migrate to Anatolia. Meanwhile, Greeks living in Thrace and Western Anatolia migrated to Greece. This very subject of "Greek Migration" was taken up in Fuat Dündar's book entitled "Modern Turkey's Code" in the context of Committee of Union and Progress's "settlement" policies. Fuat Dündar have put forward very important claims and argued that all these claims have been based on documents from the Ottoman archives. However, there are many serious mistakes in reading and evaluating the archival documents cited by himself. Found in a small part of the book, these misreadings create many question marks about other arguments concerning non-Muslims that are raised in the book.