Bağımsızlığın hemen ardından Makedonya’nın içsel bir sorunu olarak ortaya çıkan Arnavut azınlık sorunu yıllarca çözüme kavuşturulmaya çalışıldı. 1992’nin Ocak ayında, etnik Arnavutlar, bölgesel otonomi elde edebilmek için kendi aralarında referanduma gittiler. Makedonya hükümeti ise, bu hadiseyi açıkça ayrılıkçı bir hareket olarak yorumlayıp, illegal olarak gördüğü bu referandumu tanımadığını açıkladı. Azınlığın hak taleplerinin bu surette gözardı edilmesi üzerine ve daha sonradan da şiddetlenen Kosova Krizi’nin etkisiyle, 1999-2001 döneminde hükümet güçleri ile etnik Arnavutlar arasında şiddetli içsel çatışmaların yaşanmasından sonra (Bilhassa Şubat 2001’de taraflar arasındaki gerginlikler had safhaya ulaşmış ve Makedonya’nın Kosova sınırına yakın olan bölgelerinde yaşayan Arnavutlar, silahlı provokasyonlara girişmişlerdir), taraflar arasında 2001 yılında, uluslararası kamuoyunun da baskılarıyla, Ohrid Çerçeve Anlaşması imzalandı. Bu anlaşmanın hayata geçirilmesinde günümüze kadar çok önemli adımlar atan ve Avrupa Birliği’ne üye olma vizyonunu asla kaybetmeyen Makedon hükümetleri, nihayet ülkede iç düzen ve istikrarı sağlamaya muvaffak olabildiler. Günümüzde, Balkanların istikrar adası olmaya aday ülkesi Makedonya’nın önünde hâlâ çözüm bekleyen ciddi sosyo-ekonomik problemler bulunmaktadır.